سانتورینی کا موجودہ نام تیرہویں صدی میں وینیشین تاجروں اور صلیبیوں نے دیا، جنہوں نے اسے جزیرے پر موجود ایک چرچ کے نام پر “سانتا ایرینی” یعنی “سینٹ آئرین” کہا۔ اس کا قدیم یونانی نام “تھیرا” تھا، جو وہاں پہلی بستی بسانے والے سپارٹن آبادکار تھیراس کے نام پر رکھا گیا تھا۔