Hargeisa muncul pada akhir tahun 1800-an sebagai permukiman religius yang didirikan Syekh Madar di dekat sebuah titik air pada jalur dagang para pengembara menuju Harar. Inggris kemudian menjadikannya ibu kota Somaliland Britania pada 1941, dan kini kota ini menjadi ibu kota negara Somaliland yang menyatakan kemerdekaan sendiri pada 1991.