Nama Santorini yang digunakan sekarang diberikan oleh pedagang Venesia dan tentara Salib pada abad ke-13, yang menyebutnya “Santa Irini” — “Santo Irene” — mengambil dari nama sebuah kapel di pulau itu. Nama Yunani kunonya adalah “Thera,” dari nama Theras, kolonis Sparta yang mendirikan permukiman pertama di sana.